כללי הטיפול בכספי ההחזרים מפורטים ב​הוראת הנהלה מס' 21-002. הטיפול בכספי החזרים כולל את פתיחת חשבון ההחזרים ואת ניצולו לצרכי מחקר. ניתן לנצל יתרת החזרים באופנים אלו:

• העמדת תקציב לרשות החוקר, בכפוף להגשת הצעת מחקר לסגן הנשיא למחקר ופיתוח ולאישורה על ידו. הגשת ההצעה לסגן הנשיא ותיקצובה - במידה ואושרה - יעשו בפורטל לחוקר בסאפ.
• כיסוי הוצאות בתקציבי המחקר של החוקר שאינן מכוסות על ידי המממן. פעולה זו תבוצע על ידי עובדי הרשות למחקר ופיתוח או אגף הכספים המוסמכים לכך, בבואם לסגור תקציבי מחקר של החוקר.