תכניות המצוינות מיועדות לתלמידים סקרנים הלומדים מקצועות מדעיים בבית הספר, ומבקשים להרחיב אופקים ולהעשיר את הידע. תכניות הלימוד המוצעות חושפות את התלמידים לתחומי ידע הנמצאים בחזית המדע, וברובן מעורבים חוקרים מהאוניברסיטה העברית בירושלים.
תכניות המצוינות כוללות:
1. תוכנית אודיסאה - מדעני העתיד
3. תוכנית אידיאה - מדעני העתיד
5. היחידה לתלמידי תיכון - תוכניות אקדמיות לתלמידי תיכון
7. כיתות על-אזוריות (לא יתקיימו במעבדות בלמונטה בשנת תשפ"ג)