המרכז לאוטיזם באוניברסיטה העברית עובד בשיתוף פעולה עם הקליניקה לאוטיזם במרכז הרפואי הדסה ועם המרכז הירושלמי לבריאות הנפש / משרד הבריאות, במטרה לספק מרפאה אבחונית מקצועית עבור ילדים ומשפחות בה ניתנות הערכות מבוססות ראיות ברמה הגבוהה ביותר. המרפאה משמשת פלטפורמה לחוקרים הזקוקים לאוכלוסייה קלינית, עם אפשרות לשלב פרויקטים מחקריים שונים בפרוטוקול הקליני הסטנדרטי. המרפאה תהווה מקום למידה והתמחות עבור סטודנטים הלומדים בתארים גבוהים באוניברסיטה, ואף תהיה אפשרות לקבל מענקי מחקר וחוויות הכשרה ייחודית . הנתונים שיאספו אשר מקורם באנשים שקיבלו שירות במרפאה ישמשו משאב חיוני לחוקרי האוניברסיטה.
המרכז לאוטיזם מציע גם שירותי התערבות קליניים הכוללים תכנית התערבות מבוססת ראיות בתיווך ההורים, שירות שטרם הונהג בארץ. שירות זה מוצע לאחר שזוהה חוסר מסוים בשירותים המוצעים למשפחות על ידי משרד החינוך, הבריאות והרווחה. שירותים קליניים נוספים יכללו קבוצות תמיכה להורים, אחים וסבים וכן קבוצת מיומנויות חברתיות לילדים בגילאי בית ספר, מתבגרים וצעירים עםASD .
המרכז לאוטיזם מטפח שיתופי פעולה עם גורמי שירות במערכת הבריאות בישראל (קופות חולים, מרפאות מקצועיות וכו') ועם משרדי החינוך, הבריאות והרווחה על מנת לתמוך בשירותים עבור אנשים עם ASD ולהרחיבם.